El territorio del Departamento del Meta estaba habitado por indígenas guahibos, huitotos y piapocos de las familias caribe y arawak, en la época en que llegaron los españoles. Según los historiadores, Diego de Ordaz descubrió el Meta hacia 1531, a finales de 1539 el capitán Alfonso de Heredia se internó en los Llanos Orientales al mando de una expedición que llegó a las bocas de un inmenso río que llamó Meta y cuyo nombre tomó varios siglos más tarde la Intendencia Nacional.

La leyenda de El dorado motivó que varias expediciones europeas llegaran al territorio metense en busca de riquezas, entre los exploradores podemos citar a Felipe Urre, Gonzalo Jiménez de Quesada, Georg von Speyer, Hernán Pérez de Quesada, Nikolaus von Federmann y Juan de Avellaneda. Durante el camino se encontraron con muchos pueblos indígenas.

Durante la Colonia, muchos de estos indígenas pasaron a formar parte de las reducciones indígenas alrededor de las cuales se establecieron parroquias y villas. Misioneros Jesuitas en primera instancia, seguidos de Agustinos y otras órdenes religiosas, se integran a las comunidades, estudian sus lenguas y costumbres, adoctrinan a los indígenas en la Fe Católica y les enseñan nuevas técnicas de tejido en telar, talla en madera, y a interpretar instrumentos musicales europeos entre ellos, el arpa que más adelante pasará a conformar el conjunto de instrumentos propios del folclor musical llanero.

Además de las misiones, ya para 1544 se había consolidado un sistema de encomiendas siendo la primera la de Pedro Rodríguez de Salamanca heredada a raíz de su muerte a manos del Adelantado Don Gonzalo Jiménez de Quesada, fundador de Bogotá. Algunas tribus como los Guahibos y Sálivas han logrado subsistir hasta nuestros días y se localizan principalmente en el extremo oriental y en algunos sectores sobre las márgenes del río Meta, donde tienen hoy su propia jurisdicción.

El Meta, hasta el año de 1869 hizo parte del Estado Soberano de Cundinamarca; a partir de esa fecha se le dió el nombre de Territorio Nacional de San Martín (con la actual población de San Martín como capital). En 1905 por decreto No. 177 de febrero 18 de se llamó Intendencia Nacional del Meta, con Villavicencio como capital.

La ley 118 del 16 de diciembre de 1959 erigió al Meta como departamento, constituyéndose en el decimoséptimo de la República de Colombia, empezando a funcionar el 1° de julio de 1960.